Under 1800-talet kom flera folkrörelser in i det svenska samhället, som höll på att förvandlas från bondesamhälle till industrisamhälle. I spåren av denna omvandling var folkväckelsen en av de folkrörelser som bröt fram och i opposition mot den etablerade statskyrkan bildade egna frikyrkosamfund.
De som växte fram var Svenska Baptistsamfundet, Svenska Missionsförbundet och Metodistkyrkan i Sverige. 1905 samlades dessa samfund till sitt första frikyrkomöte. Detta och följande frikyrkomöten blev grogrunden för ett spirande frikyrkligt enhetssträvande som ledde till bildandet av Frikyrkliga samarbetskommittén (FSK). FSK bildades 1918 av de tre ovan nämnda samfunden.
Eftersom flera frikyrkosamfund tillkommit sedan FSK bildades inbjöds samtliga till det första Fria kristna riksmötet 1944. Detta ledde till att Fribaptisterna (FB), Helgelseförbundet (HF), Svenska Frälsningsarmén (SFA) och Örebromissionen (ÖM) år 1947 blev medlemmar i FSK. Senare tillkom även Svenska Alliansmissionen (SAM).
1963 ändrades namnet på FSK till Sveriges frikyrkoråd (SFR). Då flera frikyrkliga samfund och rörelser av olika skäl valt att inte vara med i SFR bildades 1975 De fria kristna samfundens råd, senare kallat Samråd. Detta råd blev en arbetsgrupp i nära anslutning till SFR med rätt att behandla alla SFR:s frågor av intresse för den gemenskapen. I verkligheten blev det en sammanträdeskrävande parallellorganisation, men kanske nödvändig för ekumenikens skull. Historiskt har inte ekumenik varit en självklarhet när de olika samfunden grundades eftersom de alla vuxit fram med sin egen teologi som varit viktig att bevara.
1992, i samband med bildandet av Sveriges kristna råd, som bestod av lutheraner, katoliker, ortodoxer och frikyrkliga, så förenades Sveriges frikyrkoråd (SFR) och Samråd i Sveriges Frikyrkosamråd, FSR. Samma år ingick SKR och FSR en samarbetsöverenskommelse som innebar att viktiga delar av FSR:s arbetsuppgifter överfördes till SKR. Detta för att undvika dubbelarbete för att i stället renodla sina ansvarsområden. I samarbetsöverenskommelsen ingick också en kanslisamverkan som innebar att de bägge kanslierna delade lokaler, ekonomisystem och arbetsplatsgemenskap.
1999 förändrades SKR:s bestämning av sitt uppdrag till att bli ”Kyrkorna tillsammans” där SKR skulle vara ett ”råd där kyrkorna ses som resurs för varandra”, en öppen ekumenisk mötesplats för kyrkorna i Sverige. I samband med detta presenterade SKR:s och FSR:s generalsekreterare en modell för integration. En huvudpunkt i detta förslag var att FSR skulle bli frikyrkofamiljen inom SKR och därmed en del av SKR. En fördel med detta system var också en förenkling av ekonomiska och administrativa frågor. Integrationen innebar en hög grad av samordning med kanslisamverkan och överföring av vissa fält, till exempel Kyrka-skola-arbetet. Några av FSR:s samfund valde trots sin positiva hållning att bli observatörer i SKR. Sedan 2007 är dock samtliga kyrkor och samfund medlemmar i SKR, förutom Adventistsamfundet som är observatör. Därmed har SKR en ekumenisk bredd som är världsunik.
2015 gjordes en större organisatorisk förändring och FSR:s kansli minimerades och flyttades bort från SKR. Sedan 2015 har FSR inte tillsatt en generalsekreterare. Arbete i FSR leds av styrelsen, som har en samordnare kopplad till sig.
Frikyrkornas ekumeniska samverkan behandlas i detalj i boken ”Hundra år av samverkan- Svensk frikyrkoekumenik 1918–2018” (Votum & Gullers förlag, 2018)
